Jan Blaakær er født og opvokset i Odense, og uddannet læge fra Odense Universitet i 1982. I 1987 kom han til Rigshospitalet, og han forsvarede sin doktordisputats om æggestokkræft på Københavns Universitet i 1998. Siden 1997 har han været ansat som overlæge på Aarhus Universitetshospital, Skejby, hvor han er tilknyttet det gynækologisk onkologiske team, som forsker i, og behandler, forskellige typer kræft i underlivet.

Jan Blaakær har i de seneste 23 år beskæftiget sig med gynækologiske kræftsygdomme og forsket inden for dette område, særligt i æggestokkræft, men også livmoderhalskræft og sygdomme relaterede til HPV-virus har hans interesse. Han er én af initiativtagerne bag de to største danske gynækologiske forskningsprojekter, nemlig MALOVA projektet og Mermaid projektet, som begge fokuserer på kræft i æggestokkene, og står bag en lang række forskningsartikler.

Jan Blaakær har været lektor på både Københavns og Aarhus Universitet, hvor han især har prioriteret arbejdet med studenterne højt, da han mener de er fremtidens råstof. Han har været vejleder for en lang række medicinstuderende i forbindelse med forskningsmetodologiske projekter og for adskillige ph.d.-studerende.

Det gynækologisk onkologiske team på Skejby består af en række dynamiske fagpersoner, både læger og sygeplejersker, som har etableret et inspirerende forskningsmiljø.

Blandt de mange forskningsprojekter er genetiske aspekter ved udviklingen af æggestokkræft, en ny teori om hvordan æggestokkræft opstår, og et nationalt projekt, der vil medføre et paradigmeskift i kontrol af kræftpatienter.

Afdelingens forskningsaktivitet omhandler også diagnostik og behandling af kræft i livmoderen og de ydre kønsorganer.