Fakultetsledelsen er fakultetets øverste ledelse, og alle væsentlige beslutninger af betydning for fakultetet – herunder økonomi, fælles indsatser og tiltag mv. bliver følgelig taget af fakultetsledelsen.
Fakultetsledelsen godkender således fakultetets overordnede mål og budget samt institutternes budgetter og behandler sager og emner, der er fælles for hele fakultetet og fakultets strategiske retning.
Fakultetsledelsen på Health består af dekanen, to prodekaner, fakultetets fem institutledere, sekretariatschefen, administrationschefen og kommunikationschefen, som mødes hver anden uge.
Fakultetet har desuden et Akademisk Råd og et Advisory Board, der rådgiver ledelsen i strategiske og akademiske spørgsmål.